禪宗對日本的影響極大，尤其是在武家掌權的幾百年間。從鎌倉時代起，幕府的對外交往和大名的相互外交方面，基本上全部以禪宗僧人作為媒介和橋樑，並且協助制定外交方針；室町時代，禪宗的臨濟宗是足利將軍家世代信奉的宗派，禪宗名僧深受冪府重用，常參與軍政外交機要，或作為幕府的使者斡旋於幕府與各地大名之間，或作為國使出使中國和朝鮮。展開對外貿易，也是由足利尊氏的傳戒師、曾經七度受到天皇的國師賜封、人稱“七朝帝師”的夢窗疎石先建策的，之後無論是幕府、大內家還是細川家，對明的勘合貿易無不以禪宗僧人為正使，而京都五山的天龍寺、相國寺等，向來在勘合貿易中佔據重要地位。