出於將本處遷至伊予、加強對村上水軍的控制、並且壓制毛利水軍的既定方針，我廢棄了河野家的湯築城，在越智郡原國府城下建了今治城。這座城借鑑了三重城的築城經驗，但是規模加宏大，整座城大限度的親近外海，充分活用了外海的防禦、航運功能，內中外三重的城堀極寬，全部與外海相通，除了吉良船、安宅船以外，大的關船都能直接駛入。天守高達五層，照例是建在本丸，二之丸同樣建了一座三層的天守，供城守或者城代居住，和三之丸隔著內堀相連，奉行所建在三之丸，並且有兩重城堀，中堀以內是側近武士屋敷，普通的shì屋敷則在外堀之內。