兩府體系並不是讓太宰府與鎮守府坐擁大軍，而是九州太宰府是依靠幾位重臣替幕府控制九州的政局安定，他們就相當於幕府任命在九州的宿老話事人，為幕府在九州的政令執行使力氣聚人心，如果某個領國甚至整個九州出問題，首先要追究負責該國的奉行的責任，其次要追究九州太宰府的幾位重臣的失職。
陸奧鎮守府同樣也是如此，羽奧的重臣譜代如相馬氏、伊達氏族、最上氏、蘆名氏、大崎氏、葛西氏、巖城氏要為奧州的安定使大力氣，給他們領地恩賞不是白給的，要替幕府好好的做點事情，各領國的內政事物不需要他們管，他們只需要把看到的聽到的記錄下來，聯合當地的奉行商量出解決的方案，解決不掉的聯合上報幕府，有監督權、建議權、檢舉權，但沒有裁斷權。